Der Standard enthält keine konkreten Vorgaben zu methodischen Ansätzen. Die Verfahren zur Erhebung und Messung von Biologischer Vielfalt und Ökosystemleistungen müssen in der Projektbeschreibung so dargestellt werden, dass die Erfüllung der Kriterien an die Methoden nachprüfbar ist. Darüber hinaus ist die Quantifizierung entscheidend von den zugrunde liegenden Referenzszenarien abhängig. Gerade bei den besonders wichtigen Maßnahmen zur Erhaltung Biologischer Vielfalt ist ein Referenzszenario entscheidend, um die Zusätzlichkeit der Leistung zu erfassen.
Es erscheint wichtig, dass Anbieterinnen und Anbieter bei der Quantifizierung der Leistungen Hilfe erhalten. Es werden daher hier Methoden vorgestellt, die aktuell im Rahmen der Zertifizierung eingesetzt werden. Perspektivisch soll auf der Naturplus-Standard Webseite ein „Methodenkoffer“ bereitgestellt und Datengrundlagen geteilt werden. Ziel ist es, den Austausch von Daten und Methoden zu intensivieren und damit den öffentlich zugänglichen Kenntnisstand zur Quantifizierung und dem Monitoring von Biologischer Vielfalt und Ökosystemleistungen zu erweitern.